地球上的战争虽然结束，但变形金刚之间的战争并未告终。红蜘蛛飞回塞博坦星球，打算带着霸天虎军队再回地球与汽车人一决死战。汽车人发现威震天的尸体不见了，原已被萨克巨人偷走，威震天随后被再次激活，决心反攻汽车人。与此同时，红蜘蛛也率领塞博坦的援军赶来。一直生活在地球人类之间的汽车人这时也已经增强了自己的战斗力，一场大战所难免。男孩儿山姆因为掌握了有关变形金刚的起源以及古老时期到访地球的线索而遭到霸天虎的追击。霸天虎为了获取这些信息，妄图生擒山姆。汽车人、美军和其它多国部队联合起来抵抗霸天虎的袭击。最后人类和汽车人战胜了霸天虎，地球恢复了和平。