（The 4400 第三季）在第三季中，故事情节更加复杂紧张。莉莉将退出影迷的视线。在开篇中即以死亡结束本剧的拍摄。而莉莉的女儿张大后的伊莎贝尔闪亮登场。伊莎贝尔将成为本剧中最关键的人物。她的使命是什么？她的背后隐藏什么秘密？肖恩资助的NOVA集团逐渐被Daniel掌控。Daniel不断招募具有超能力的4400成员和非4400成员以此来对抗政府。肖恩决定帮助政府铲除NOVA集团。汤姆和戴安娜在调查4400事件过程中又将会发生什么意想不到的事情？一个个谜底将在第三季中解开。